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福島県北塩原村、裏磐梯高原のほぼ中央部、小野川湖入口に、和室１、寝室１、実験室１、台所、浴室、トイレを備える66.2
㎡の観測・実験施設が、１９７０年に国際生物学事業計画（ＩＢＰ）の分担研究の一つ、非調和型湖沼の生物生産の研究を遂行するために設置された。この分担研究が終了した１９７５年に、本施設が山形大学理学部に移管され、１９８３年と１９９２年に２回の営繕・改修工事を行いながら、理学部裏磐梯湖沼実験所として研究・教育に利用されてきた。
これまで生物学科の専門科目の植物分類野外実習や環境生態学実験のほかに、裏磐梯地域の湖沼、河川、森林、火山、地質、岩石等に関する卒業研究、修士論文や理学部教官の調査研究のみならず、他学部、他大学教官の調査研究のための宿泊・実験施設として使用されている。維持・管理には、学部長を実験所長とし、各学科選出の教官による運営委員会と理学部会計係が当たっている。
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